| 3º Ronda | ||||||
| 8/10/08 | Portugalete | Portugalete | 2 | |||
| Don Benito | 0 | |||||
| 8/10/08 | Irun | Real Union | 2 | |||
| Barakaido | 1 | |||||
| 8/10/08 | Vigo | Celta | 2 | |||
| Real Sociedad | 0 | |||||
| 8/10/08 | Ponferrada | Ponferradina | 1 | |||
| Universidad Las Palmas | 1 | |||||
| 8/10/08 | Granada | Granada 1974 | 0 | |||
| Benidorn | 2 | |||||
| 8/10/08 | Orijuela | Orijuela | 3 | |||
| Toledo | 1 | |||||
| 8/10/08 | Madrid | Rayo Vallecano | 2 | |||
| Albacete | 1 | |||||
| 8/10/08 | Salamanca | Salamanca | 0 | |||
| Castellon | 1 | |||||
| 8/10/08 | Melilla | Melilla | 2 | |||
| Ejido | 3 | |||||
| 8/10/08 | Alicante | Hercules | 1 | |||
| Girona | 0 | |||||
| 9/10/08 | Elche | Elche | 1(4) | Sicilia (A) | ||
| Tenerife | 1(3) | Henriquez | ||||
| 4º Ronda | ||||||
| 28/10/08 | Benidorm | Benidorm | 0 | |||
| Barcelona | 1 | Bojan | ||||
| 12/11/08 | Barcelona | Barcelona | 1 | Messi | ||
| Benidorm | 0 | |||||
| 28/10/08 | Portugalete | Portugalete | 1 | Vera | ||
| Valencia | 4 | Morientes (2), Vicente, Zigic | ||||
| 12/11/08 | Valencia | Valencia | 3 | Angulo (2), Pablo | ||
| Portugalete | 0 | |||||
| 28/10/08 | Bilbao | Athletic Bilbao | 2 | Velez, Lopez | ||
| Recreativo | 0 | |||||
| 12/11/08 | Huelva | Recreativo | 2 | Akale, Martin | ||
| Athletic Bilbao | 1 | Llorente (P) | ||||
| 28/10/08 | Castellon | Castellon | 0 | |||
| Betis | 2 | Edu, Juanma | ||||
| 12/11/08 | Sevilla | Betis | 2 | Emana, Garcia | ||
| Castellon | 0 | |||||
| 28/10/08 | Vigo | Celta | 2 | Rodriguez, Lago | ||
| Español | 2 | Callejon, Valdo | ||||
| 12/11/08 | Barcelona | Español | 3 | Jarque, Noguerol (A), Valdo | ||
| Celta | 0 | |||||
| 28/10/08 | El Ejido | Poli Ejido | 5 | Molina (3), Torres, Nacor | ||
| Villarreal | 0 | |||||
| 12/11/08 | Villarreal | Villarreal | 1 | Franco | ||
| Poli Ejido | 1 | Molina | ||||
| 28/10/08 | Elche | Elche | 0 | |||
| Deportivo | 2 | Riki, Bodipo | ||||
| 12/11/08 | La Coruña | Deportivo | 2 | Alvarez, Bravo | ||
| Elche | 0 | |||||
| 28/10/08 | Alicante | Hercules | 1 | Fernandez | ||
| Valladolid | 5 | Goitom, Escudero, Ogbeche (2), Sesma | ||||
| 12/11/08 | Valladolid | Valladolid | 2 | Victor, Medunjanin | ||
| Hercules | 2 | Gerardo, Sendoa | ||||
| 28/10/08 | Malaga | Malaga | 1 | Cheli | ||
| Mallorca | 1 | Keita | ||||
| 12/11/08 | Palma de | Mallorca | 2 | Navarro, Keita | ||
| Mallorca | Malaga | 0 | ||||
| 28/10/08 | Murcia | Murcia | 2 | Elia, Sikora | ||
| Racing | 1 | Bedia | ||||
| 12/11/08 | Santander | Racing | 2 | Tchite, Jonathan | ||
| Murcia | 0 | |||||
| 28/10/08 | Soria | Numancia | 0 | |||
| Sporting | 1 | Omar | ||||
| 12/11/08 | Gijon | Sporting | 2 | Barral (2) | ||
| Numancia | 0 | |||||
| 28/10/08 | Orihuela | Orihuela | 0 | |||
| Atletico Madrid | 1 | Forlan | ||||
| 12/11/08 | Madrid | Atletico Madrid | 0 | |||
| Orihuela | 0 | |||||
| 28/10/08 | Ponferrada | Ponferradina | 1 | Portilla | ||
| Sevilla | 0 | |||||
| 13/11/08 | Sevilla | Sevilla | 4 | Luis Fabiano (3), Maresca | ||
| Ponferradina | 0 | |||||
| 28/10/08 | Madrid | Rayo Vallecano | 1 | Perera | ||
| Almeria | 2 | Solari (2) | ||||
| 12/11/08 | Almeria | Almeria | 3 | Ortiz (2), Corona | ||
| Rayo Vallecano | 0 | |||||
| 28/10/08 | Getafe | Getafe | 0 | |||
| Osasuna | 0 | |||||
| 13/11/08 | Pamplona | Osasuna | 1 | Pandiani | ||
| Getafe | 0 | |||||
| 30/10/08 | Irun | Real Union | 3 | Dominguez (2), Goikoetxea | ||
| Real Madrid | 2 | Higuain, Saviola | ||||
| 11/11/08 | Madrid | Real Madrid | 4 | Raul (3), Alberto Bueno | ||
| Real Union | 3 | Abasolo, Salcedo, Romo | ||||
| 8º Final | ||||||
| 6/1/09 | Madrid | Atletico Madrid | 1 | Ujfalusi | ||
| Barcelona | 3 | Messi (3, 1P) | ||||
| 14/1/09 | Barcelona | Barcelona | 2 | Bojan, Gudjohnsen | ||
| Atletico Madrid | 1 | Sinama-Pongolle | ||||
| 7/1/09 | El Ejido | Poli Ejido | 3 | Molina (P), Juli, Chico | ||
| Español | 2 | Moises, Martínez | ||||
| 14/1/09 | Barcelona | Español | 1 | Robles (A) | ||
| Poli Ejido | 0 | |||||
| 7/1/09 | Santander | Racing | 1 | Lacen | ||
| Valencia | 1 | Colsa (A) | ||||
| 14/1/09 | Valencia | Valencia | 3 | Vicente (2), Joaquin | ||
| Racing | 1 | Colsa | ||||
| 7/1/09 | Irun | Real Union | 0 | |||
| Betis | 1 | Damia | ||||
| 14/1/09 | Sevilla | Betis | 1 | Arzu | ||
| Real Union | 0 | |||||
| 7/1/09 | Sevilla | Sevilla | 2 | Luis Fabiano, Kanoute | ||
| Deportivo | 1 | Bravo | ||||
| 14/1/09 | La Coruña | Deportivo | 0 | |||
| Sevilla | 3 | Navas, Luis Fabiano (2) | ||||
| 7/1/09 | Gijon | Sporting | 3 | Barral (2), Carmelo | ||
| Valladolid | 1 | Canobbio | ||||
| 14/1/09 | Valladolid | Valladolid | 2 | Canobbio, Leon | ||
| Sporting | 1 | Jorge | ||||
| 8/1/09 | Palma de | Real Mallorca | 3 | Keita, Santana, Varela | ||
| Mallorca | Almería | 1 | Ortiz | |||
| 14/1/09 | Almeria | Almería | 1 | Piatti | ||
| Real Mallorca | 1 | Arango | ||||
| 8/1/09 | Pamplona | Osasuna | 1 | Pandiani | ||
| Athletic Bilbao | 1 | Llorente | ||||
| 15/1/09 | Bilbao | Athletic Bilbao | 2 | Gabilondo, Josetxo (A) | ||
| Osasuna | 0 | |||||
| 4º Final | ||||||
| 21/1/09 | Valencia | Valencia | 3 | David Villa, Baraja, García Mata | ||
| Sevilla | 2 | Luis Fabiano, Adriano | ||||
| 29/1/09 | Sevilla | Sevilla | 2 | Kanoite, Squillaci | ||
| Valencia | 1 | Marchena | ||||
| 21/1/09 | Barcelona | Español | 0 | |||
| Barcelona | 0 | |||||
| 29/1/09 | Barcelona | Barcelona | 3 | Bojan (2), Pique | ||
| Español | 2 | Torrejon, Callejon | ||||
| 21/1/09 | Bilbao | Athletic Bilbao | 0 | |||
| Sporting Gijon | 0 | |||||
| 28/1/09 | Gijon | Sporting Gijon | 1 | Gonzalez | ||
| Athletic Bilbao | 2 | Gabilondo, Lopez | ||||
| 21/1/09 | Palma de | Mallorca | 1 | Keita | ||
| Mallorca | Betis | 0 | ||||
| 28/1/09 | Sevilla | Betis | 0 | |||
| Mallorca | 0 | |||||
| Semifinal | ||||||
| 4/2/09 | Sevilla | Sevilla | 2 | Duscher, Acosta | ||
| Athletic Bilbao | 1 | Llorente | ||||
| 4/3/09 | Bilbao | Athletic Bilbao | 3 | Martinez, Llorente, Pinedo | ||
| Sevilla | 0 | |||||
| 5/2/09 | Barcelona | Barcelona | 2 | Henry, Marquez | ||
| Mallorca | 0 | |||||
| 4/3/09 | Palma de | Mallorca | 1 | Castro | ||
| Mallorca | Barcelona | 1 | Messi | |||
| Final | ||||||
| 13/5/09 | Valencia | Athletic Bilbao | 1 | Pinedo | ||
| Barcelona | 4 | Toure Yaya, Messi, Bojan, Xavi | ||||